II. Secara alur data berbasis elektronik atau online:

1. Buka laman https ://ditpdpontren.kemenag.go.id/daftar keberadaan pesantren        dengan memilih menu “Registrasi“ pada halaman beranda, serta melampirkan    softcopy  seluruh Dokumen Kelengkapan  Pendaftaran   Keberadaan  Pesantren  serta  melengkapi   beberapa formulir   isian dalam aplikasi
2. Kepala Kantor Kementerian Agama melakukan pemeriksaan kelengkapan dokumen fisik/hardcopy dan softcopy/file pada akun Kantor Kementerian Agama dalam jangka waktu paling lama 7 (tujuh) hari kerja terhitung sejak permohonan diterima.
3. Dalam hal berdasarkan hasil pemeriksaan dokumen permohonan pendaftaran keberadaan Pesantren  dinyatakan  tidak lengkap,  Kepala  Kantor  Kementerian  Agama  menyampaikan pemberitahuan disertai dengan alasan kepada pemohon untuk melengkapi dokumen dalam jangka waktu paling lama 7 (tujuh) hari kerja terhitung  sejak  pemberitahuan disampaikan melalui akun Kantor Kementerian Agama.
4. Pemohon mendapatkan pemberitahuan Kantor Kementerian Agama melalui akun Pesantren, dan melengkapi kekuranglengkapan dokumen yang dimaksud.
5. Dalam hal pemohon tidak melengkapi dokumen permohonan pendaftaran keberadaan Pesantren  dalam  jangka  waktu  yang  ditentukan,  permohonan pendaftaran keberadaan Pesantren  dianggap  ditarik  kembali.
6. Dalam  hal  hasil  pemeriksaan  dokumen  permohonan  pendaftaran  keberadaan Pesantren dinyatakan lengkap,  Kepala Kantor Kementerian Agama  melakukan  verifikasi keabsahan dokumen  dan/atau  visitasi  lapangan.
7. Verifikasi keabsahan dan/atau visitasi lapangan dilakukan oleh petugas verifikasi dan visitasi lapangan, yaitu pejabat atau unsur Aparatur Sipil Negara (ASN) unit kerja pada Kantor Kementerian Agama yang memiliki tugas dan tanggungjawab atas pembinaan Pesantren.
8. Apabila di pandang perlu, Kepala Kantor Kementerian Agama dapat menunjuk Kepala Kantor Urusan  Agama  (KUA)  setempat  sesuai  kedudukan  (domisili)  Pesantren  pemohon sebagai petugas  verifikasi  dan  visitasi  lapangan,  untuk  melakukan  verifikasi  dan  visitasi lapangan permohonan  pendaftaran  keberadaan  Pesantren,  untuk  selanjutnya disampaikan  kepada Kepala Kantor Kementerian Agama dalam bentuk rekomendasi.
9. Dalam hal berdasarkan  hasil  verifikasi  keabsahan  dokumen  dan/atau visitasi   lapangan ditemukan  bukti  ketidaksesuaian  dengan  dokumen permohonan pendaftaran keberadaan Pesantren  yang disampaikan,  Kepala Kantor Kementerian  Agama   menolak    permohonan disertai dengan  alasan  tertulis, dan  disampaikan  kepada  pemohon  melalui  akun Kantor Kementerian Agama.
10. Dalam hal berdasarkan  hasil  verifikasi  keabsahan  dokumen  dan/atau  visitasi   lapangan ditemukan bukti kesesuaian dengan dokumen permohonan pendaftaran keberadaan Pesantren yang disampaikan, Kepala Kantor Kementerian Agama menerbitkan rekomendasi kepada Kepala Kantor Wilayah dalam jangka waktu paling lama 7 (tujuh) hari kerja terhitung sejak hasil verifikasi keabsahan dokumen dan/atau visitasi lapangan diterima, dengan meng-upload rekomendasi pada akun Kantor Kementerian Agama.
11. Kepala   Kantor   Wilayah   melakukan   penelaahan  atas  rekomendasi  melalui  akun Kantor Wilayah.
12. Dalam  hal  berdasarkan  hasil  verifikasi  keabsahan  dokumen   dan/atau  visitasi lapangan ditemukan  bukti  ketidaksesuaian  dengan  dokumen  permohonan pendaftaran keberadaan Pesantren  yang  disampaikan, Kepala Kantor Wilayah menolak permohonan disertai dengan alasan tertulis melalui Akun Kantor Wilayah. Pemberitahuan penolakan bisa ditujukan kepada Akun Kantor Kementerian Agama atau langsung kepada Akun Pesantren.
13. Dalam hal berdasarkan  hasil  verifikasi  keabsahan  dokumen  dan/atau visitasi lapangan ditemukan    bukti  kesesuaian   dengan   dokumen   permohonan  pendaftaran  keberadaan Pesantren  yang  disampaikan,  Kepala  Kantor  Wilayah  meneruskan  rekomendasi kepada Menteri   melalui  Direktur  Jenderal dalam  jangka  waktu  paling  lama 3 (tiga) hari kerja terhitung sejak rekomendasi diterima melalui Akun Kantor Wilayah.
14. Direktur Jenderal melakukan penelaahan atas rekomendasi melalui Akun Pusat.
15. Dalam  hal  berdasarkan  hasil  verifikasi  keabsahan  dokumen dan/atau  visitasi   lapangan ditemukan  bukti  ketidaksesuaian dengan dokumen permohonan pendaftaran keberadaan Pesantren  yang  disampaikan,  Direktur  Jenderal  menolak permohonan  disertai    dengan alasan   tertulis melalui Akun Pusat. Pemberitahuan penolakan bisa ditujukan kepada Akun Kantor Wilayah, Akun Kantor Kementerian Agama atau langsung kepada Akun Pesantren.
16. Dalam  hal  berdasarkan  hasil  verifikasi  keabsahan  dokumen  dan/atau  visitasi lapangan ditemukan  bukti  kesesuaian  dengan  dokumen  permohonan  pendaftaran    keberadaan Pesantren  yang  disampaikan,  Direktur  Jenderal  atas  nama  Menteri  memberikan    izin terdaftar bagi Pesantren yang memperoleh rekomendasi dari Kepala Kantor Wilayah dalam bentuk Keputusan Penetapan Nomor Statistik Pesantren (NSP) serta Piagam Statistik Pesantren (PSP) dan diupload melalui Akun Pusat.
17. Surat Keputusan Penetapan Nomor Statistik Pesantren ( NSP ) serta Piagam Statistik Pesantren ( PSP ) sebagai dasar Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Purbalingga menerbitkan Ijin Terdaftar Pesantren