PGA NU adalah awal dari berdirinya Madrasah tsanawiyah negeri di kecamatan Bobotsari sebelum menjadi MTs N 2 Purbalingga. “Melalui proses perjuangan yang panjang PGA NU akhirnya berubah menjadi PGAN 4 Tahun Bobotsari. Selanjutnya tahun 1978 melalui KMA Nomor 16/1978 status PGAN 4 tahun berubah menjadi MTs Negeri Bobotsari,” jelasnya. Setelah 39 tahun menjadi MTsN Bobotsari pada 3 Oktober 2017 melalui KMA Nomor 211/2015 dan KMA Nomor 810/2017 MTsN Bobotsari berubah menjadi MTsN 2 Purbalingga hingga sekarang.sejak berdiri sebagai PGA NU hingga saat ini sudah terjadi 8 kali pergantian kepala madrasah.
